In de rekeningen vanaf 1630 vinden wij sporadisch posten voor onderhoud en herstel van de omheiningen van kerkhofgedeelten afzonderlijk. Zo wordt in 1659-1660 ‘de sijdel ofte heijmuur tussen het bagijnhoff ende de kerck op gemetselt’ door Gijsbert van der Lijp.⁹ Aan de westkant werd het kerkterrein begrensd door een bakstenen muur met steunberen vanaf de Bagijnhofpastorie noordwaarts ongeveer midden door de Torenstraat,

Noordwaarts volgt voorts, met rooilijn in het verlengde van deze muur, het huizenblok op de hoek van de Torenstraat en de Hinthamerstraat. Van de noordpartij van het kerkterrein, langs de Hinthamerstraat, zijn vermoedelijk al in de 13de eeuw erven uitgegeven en bebouwd, zodat dit gebied dichtslibde op de ‘kerkganc’ of ‘Kerck-hofstraete’ (tweede weg dus van die naam) ofwel het ‘Potghieterstraatje’ na, axiaal op het noordportaal gericht in het verlengde van de Boerenmouw. Uit de cijnsboeken is de parcellering en bewoning, met name die tussen 1575 en 1590, enigszins na te gaan.¹¹ De vogelvluchtkaart van Jacob van Deventer, tussen 1552 en 1560 gemaakt, laat deze bebouwing schematisch, als een rode strook langs de Hinthamerstraat, zien.¹² Deze huizen waren, volgens Van Heurn, alle van de kerk, maar werden door haar in 1611 of daaromtrent verkocht ter bestrijding van de kosten van het nieuwe oxaal, dat inderdaad een zeer kostbare onderneming was.¹³ Als dit zo is, hoe zijn de percelen dan weer deel van het kerkhof gaan uitmaken? Dat is een onopgeloste vraag, evenals de vraag waarom zij verdwenen zijn. Om de begraafplaats te verruimen? Na oorlogsschade in 1629? (veel bommen vanuit de richting Vught zijn over de kerk heen op haar noordkant en noordelijke belendingen terechtgekomen). Op de stadsplattegrond in het Toonneel der Steden van Joan Blaeu, uitgegeven in 1649 (maar veel gravures in dit boek zullen al ruim tevoren voorbereid en vervaardigd zijn), is het terrein naar de Hinthamerstraat al even open als nu en als op de kadastrale kaart van 1817. Het terrein werd naar de straat door een muur(tje) afgezet. In 1727-1728 wordt betaling verricht ‘tot het maken van den Beer’, niet nader gelocaliseerd.¹⁴ In 1786 wordt een ‘Beer’, wellicht dezelfde, gesloopt: ‘Ontvangen’ van verkoop van oude steen na ‘het amoveeren van den steenen Beer, nevens de Hinthamerstraat langs het grote of St. Jans Kerkhof’.¹⁵ Een ‘beer’ is een lage stenen muur. Daarvoor in de plaats leverde de steenhouwer J.H. Loth 24 stenen palen waarin liggend boven elkaar twee ijzeren gaarden als hek werden bevestigd.¹⁶ Veel later, in 1800, leverde dezelfde Loth een stenen lantaarnpaal op het kerkhof.¹⁷. De ‘kerkganc’ lag, zoals gezegd, tegenover de Boerenmouw en bood plaats aan een kruisbeeld, ‘'t groot cruys op St. Janskerkhoff’, een stenen kruisbeeld dat door de protestanten al in 1528 was vernield en daarna vervangen door een zwaar koperen corpus op een houten kruis. Dit werd in 1629 opgeborgen en in 1641 door de Rendant der kerkelijke goederen verkocht aan de Antwerpse Predikheren.¹⁸ Er was nog meer stoffering op dit deel van het kerkhof, zoals blijkt uit de stadsresolutiën van 1728, toen het huisje van de doodgraver werd verkocht, en uit de rekening van 1754-1755: ‘Betaalt aan Willem van der Linden eene somme van 12 gl. in voldoening van het ledigen van 4 knekelhuijsen staanden ten noorden van de Grotte Kerk 12-0-0’.¹⁹

In 1866 gaf het kerkbestuur de smid Scheffers opdracht voor een ijzeren hek langs de Hinthamerstraat en in 1867 werd dit geplaatst, met zijn neogotische pinakels en uitgesmede leliën op de traliën (op oude foto's te zien). Het maakte in 1935 plaats voor het lage bakstenen muurtje dat thans de gehele noord-, oost- en zuidoostkant omgeeft. In 1873 liet het kerkbestuur een ijzeren hek aan ‘het plein der kerk’ plaatsen, waarmee vermoedelijk de open ruimte aan de Torenstraat bedoeld is.²⁰

Over de oostelijke omheining van het kerkhof handelt een rekeningpost van 1693-1694: ‘Van dato den 31 julij 1692 vastgestelt sijnde om te maacken een muer ende een duer voor St.Jans Choor in plaats van het vergaan hecken’. Op 9 augustus 1692 werd het publiek aanbesteed: timmerman Peter Sloth maakte er een poort voor met ‘frontespies’ (fronton).²¹

Ten zuidoosten van het koor der kerk, waar een hoek afgezonderd was als begraafplaats voor slachtoffers van de pest, stond een Heilig Kruiskapel volgens Van Heurn.²² Over de twee altaren daarin had de plebaan het begevingsrecht; in 1375 wordt bericht, dat de kapel vernieuwing nodig had, aldus deze schrijver. Andere bronnen voor het bestaan van zulk een kapel zijn tot heden niet gevonden.

Aan de zuidkant werd het kerkhof flink ingekort toen het Begijnhof verdween. De kerk daarvan diende een tijd lang als Engelse kerk, daarna als gehoorzaal van de Illustre School, stortte in 1701 in en werd toen gesloopt. Toen in 1675 de gedwongen uitsterving der Begijnen een feit was, ontstond er onenigheid tussen de Raad van State en de stadsregering over de eigendom der gebouwen, die beide al langer in gebruik hadden. Het geschil werd opgelost in 1721: de Raad van State verwierf de houten stallen in eigendom, die hij al in 1701 had neergezet en die in 1741 door de bakstenen veldartilleriestallen, de barakken, vervangen werden die tot 1934 langs de Triniteitstraat stonden. De stad verwierf de overige gebouwen van het Begijnhof en liet deze, op het pastoorshuis na, in 1749 afbreken. Het terrein werd ingericht als paradeplaats voor het garnizoen, met klinkers bestraat, met stenen paaltjes afgezet en enige jaren later met lindebomen beplant.²³ Daarbij werd het kerkterrein tussen Choorstraat en Kerkstraat aan het kerkhof onttrokken en tot openbare weg gemaakt. Alleen een smalle strook

Het kerkhof was alleen begraafplaats der kleine luiden en armen. De laatste bijzettingen, onder meer van doden uit het Groot Ziekengasthuis, vonden in 1832 plaats. In 1856-1857 kwam de nieuwe rooms-katholieke begraafplaats aan de Graafseweg tot stand.

Op oude afbeeldingen, met name de steendruk van Servaas de Jong uit 1847, en op de oudste foto's, biedt het terrein ten noorden en noordoosten van de Sint Jan niets meer dat aan een kerkhof herinnert, vanaf 1860 is het gestoffeerd met materialen en loodsen voor de restauratie, in 1915 waren de thans nog bestaande houten bouwloodsen op het terrein voltooid.