Een eerste wijziging in de restauratie-opvattingen, beginselen en praktijk ten aanzien van de Sint Jan, kan men rond 1882 waarnemen, wanneer Hezenmans onder invloed van Cuypers meer origineel werk gaat handhaven, spaarzamer gaat vernieuwen. Een tweede wijziging gaat zich doen gevoelen, wanneer het herstel van het hoogkoor voorbereid wordt. Afgezien van interne critiek in de kring van de minister, de rijksadviseurs, de architect en de commissie voor de uitwendige herstelling, was van buiten af sinds de jaren vijftig van de 19de eeuw wel met belangstelling naar de restauratie gekeken, maar komt het pas laat tot critische beoordelingen. In een verslag van het Sint Bernulphusgilde, naar aanleiding van een excursie der gildebroeders, wordt Hezenmans geprezen, die voor het bestaande de meeste eerbied toont en wiens werk door materiaalkeuze en -toepassing beter bestand zal blijken tegen de slopende macht van de tijd dan dat der middeleeuwse meesters. ‘Wil men beweren, dat er nieuwe figuren zijn geplaatst, welke niet aan de hoogste eischen voldoen, welke niet, zoo als men wel zoude wenschen, zich voegen in de architektonische lijnen, wij zullen het niet loochenen; maar dan verklaren wij ook onmiddellijk, dat in de bouwloods van de St. Jan wel bekwame steenhouwers werkzaam zijn, in de loods zelf gevormd, maar geen eigenlijke kunstenaars, geen meesters in de beeldhouwkunst. De middelen, over welke de commissie beschikt, schijnen de salarieering van zoodanige kunstenaars niet te gedoogen’.⁸⁴ De lezer verneemt hier hetzelfde commentaar als Victor de Stuers reeds in 1873 uitte.

De inwendige stoffering wordt door het gilde afgekeurd, behoudens een aantal beelden van H. van der Geld. Met de hoop op de wederopbouw van de middentoren of op twee nieuwe westtorens eindigt het verslag.

Het eerste critische geluid in de landelijke vakpers liet A.W. Weissman in 1905 horen, althans het eerste dat specifiek de bij de Sint Jan gevolgde werkwijze gold.⁸⁵ Hij meende, dat de oudheidkundige waarde van het gebouw door de restauratie zeer verminderd was, maar vond het rooms-katholiek verlangen naar nieuwe luister een begrijpelijke en verzachtende omstandigheid. Al een decennium eerder had hij, in een lezing voor het Koninklijk Oudheidkundig Genootschap op 25 october 1886, de staf gebroken over ‘bedrieglijk nagebootste voorwerpen’ met als conclusie: ‘Daarom, men conserveere, maar restaureere niet!’⁸⁶ Later, in een lezing voor hetzelfde genootschap op 25 april 1910, zal hij ten aanzien van herstellingen in het algemeen dat adagium herhalen. Van een aantal grote Nederlandse monumenten, waaronder de Sint Jan, zegt hij dan, dat zij niet zouden zijn ingestort, ‘indien het restauratieproces achterwege gebleven ware. Niemand zal volhouden, dat, als zij alleen behoorlijk onderhouden waren, deze gedenkteekenen niet nog tal van eeuwen hadden kunnen trotseeren’.⁸⁷

Polemische detailcritiek leverde de priester Cornelis Frans-Xavier Smits in het proefschrift De Kathedraal van 's Hertogenbosch, waarop hij in 1907 onder leiding van prof. kanunnik dr. R. Maere aan de universiteit van Leuven promoveerde. Zoals hijzelf in zijn inleiding schreef, besteedde hij veel zorg aan de iconografische bestudering van het figuraal beeldhouwwerk, ‘wijl het een dure plicht en eene gebiedende noodzakelijkheid is,

Smits keurt de nieuwe beelden, die in groot getal het noordtransept en de steunberen der schipzijbeuken bezetten, af als waardeloze neo-klassieke sculpturen en betreurt de totale vernieuwing van de luchtboogbeeldjes van het schip. ‘Ziehier nu een kort overzicht van beelden-restaureeren, zoals dat in Den Bosch zoo slecht mogelijk geschiedt van 1860-1907. Eerste operatie: een oud, verweerd beeld wordt van de kerk neergelaten; tweede operatie: van het levensgroot beeld in kwestie maakt dan iemand een heel klein potloodschetsje (omtrent 15 cm.) uit de losse hand; derde operatie: dit getrouw (?) teekeningske komt nu in handen van een ander kunstenaar, die naar dat potloodkrabbeltje een pijpaarden en gipsen beeldje maakt; vierde operatie: het gemoderniseerde beeldje wordt nu alweêr bij een anderen kunstenaar gebracht, die het klein, gipsen popken, voornoemd, tot een reuzenstatue in natuursteen omwerkt ... en haalt men nu, na die eindelooze operaties, het nieuwe, langs verschillende omwegen afgedwaalde beeld tegelijk met zijn antieken, ontredderden voorganger voor de rechtbank der gezonde kritiek ... dan verzuchten alle deskundige rechters: Quantum mutatus ab illo!’⁹⁰ Maar de grootste nadruk legt hij op het feit, dat geen gevolg is gegeven aan de raad van de rijksadviseurs uit 1874, om van de figurale wimbergsculpturen van het koor gipsafgietsels te maken zonder het verdere verval af te wachten. Er zijn zelfs geen foto's van gemaakt.

In november 1907 pleegde Cuypers in Den Bosch met Hezenmans overleg over diens inzichten in de methode voorgesteld voor het herstel van het beeldhouwwerk van het koor. Hezenmans kon zich geheel verenigen met de voorstellen die door De Stuers hierover gedaan waren en die op de eerste plaats gipsafgietsels van de reliëfs vereisten.⁹¹ In zijn verslag aan de minister van binnenlandse zaken, op 20 december 1907, schrijft Cuypers: ‘De juistheid van alle critische opmerkingen in het proefschrift van Dr. Xavier Smits over de uitgevoerde restauratiewerken zal hier niet door mij worden ter sprake gebracht’. Maar hij, Cuypers zelf, Hezenmans en De Stuers hebben zich die critiek blijkbaar wel aangetrokken zoals uit de voortgang der werken blijkt. Inderdaad ook is de fotografie als hulpmiddel bij de restauratie pas zeer laat, in 1908, ingeschakeld, toen de Bossche fotograaf A.C. Verhees in opdracht van Cuypers en Hezenmans de eerste foto's van een aantal frontalen afleverde. Tussen 1866, toen A.G. Schull (gevestigd in de Kerkstraat A.N.o 133) enkele interieurfoto's maakte, en 1908, is van de Sint Jan vrijwel niets in foto's vastgelegd.

Bovendien had Victor de Stuers in een schrijven aan de minister van binnenlandse zaken van 16 november 1907 de juistheid van de critiek van Smits al erkend, onder aanhaling van diens uitlatingen, en richtlijnen voor een zorgvuldiger werkwijze opgesteld. De auteur van ‘Holland op zijn smalst’ had zich nu zelf de critiek aan te trekken, die hij vijfendertig jaar eerder op anderen had losgelaten.

Na de afgietsels van zeven wimbergen der straalkapellen in 1877 waren er nooit meer gemaakt. In 1907 werden er enkele gemaakt en voor 1908 werd nu een post van f 1.500. - voor dit werk gereserveerd. Besloten werd in dat jaar, dat voorlopig geen der wimbergen van de noordkant van het hoogkoor vernieuwd zou worden, zij zouden slechts afgegoten worden en bij nader onderzoek zou bepaald worden, of er werkelijk vernieuwing nodig was. Inderdaad werden zij tussen 1908 en 1920 achtereenvolgens afgegoten. Oudheidkundigen geven, aldus Cuypers in zijn verslag van 1907, de voorkeur ‘aan het behoud der in verweerde toestand zich bevindende beelden of reliëfs boven een grondige, oordeelkundige herstelling, welke is te verkrijgen door nauwkeurige studie, in completeering van het ontbrekende, op de afgietsels zorgvuldig te maken’, waarna ‘goed bewaarde oude fragmenten met nieuwe in duurzamen steen gecombineerd worden’, maar alleen ‘bij deze laatste behandeling zal men een harmonisch geheel verkrijgen, terwijl bij het eerste systeem het gebouw langzamerhand in een vervallen toestand zal verkeeren, daar de partijen, thans met verweerde beeldhouwwerken gevuld, onaangenaam zullen afsteken naast de herstelde architectonische deelen met hunne versieringen’. Voor het invoegen van nieuwe delen in de oude reliëfs wordt dan ook gekozen.

In 1908 vierde L.C. Hezenmans zijn vijftigjarig jubileum als restauratie-architect der kerk, waarbij hij tot officier in de orde van Oranje Nassau verheven werd. Op 29 april 1909 overleed hij, kort nadat zijn broer Jan hem op 16 februari was voorgegaan. Zijn opvolger werd H. van Heeswijk. Onder diens leiding werd de in 1908 begonnen

In 1912-1913 werden ook de sluitgevels achter de daken der straalkapellen hersteld. In 1915 werd voor het eerst het rijkssubsidie verhoogd en wel van f 8.000. - tot f 10.000. -, welk jaarlijks bedrag in 1920 tot f 15.000. - stijgt, in 1921 tot f 25.000. -. In 1923 zakt het plotseling tot f 16.000. - terug: men hoopt door meer behoud van het bestaande en minder vernieuwingen dan vroeger, voor een gelijk jaarlijks bedrag meer nuttig effect te verkrijgen.