Deze beide viertallen traveeën dienen in hun bouwtijd, bouwplastiek, maatvoering en ook eerste kleurige afwerking samengezien te worden met de koorzijbeuken en zijn ouder dan het overige van de schipzijbeuken. Wat de noordelijke traveeën betreft, zijn de data van vier altaarwijdingen bekend, 1445-1452. Rode leliekronen rond sluitstenen treft men ook aan in de Waalse kerk (Sint Wendelinuskapel) te Breda, waar het bouwbegin op 1446 gesteld wordt. Vermoedelijk is de zuidelijke pendant, het viertal traveeën aan de zuidkant, kort daarop tot stand gekomen: het verlof tot stichting van nieuwe altaren in 1469 kan daarmee samenhangen. Het overige van de noordelijke zijbeuken wordt eerst in 1478-1497 opgetrokken en dat van de zuidelijke in 1505-1517.

Zij krijgen een heel ander kleurenschema in de gewelfzone waaraan de oudere traveeën aangepast worden. Bij de restauratie van die oudere is voor het oudste, direct op de witkalk aangebrachte zwart van de ribben gekozen, in de gewelfvelden zijn de oudste en de latere versieringen door elkaar heen geconserveerd en enigszins aangevuld.

Daardoor is een caesuur in de bouwperioden benadrukt, die tevoren alleen uit de pijlerprofileringen, wandtraceringen en ribbenopvang sprak. De schei-, gordel-, muraal- en ribbogen van de noorderzijbeuken zijn in een eerste en tweede fase blauwgrijs geschilderd, eerst vrij donker, dan wat lichter, met witte schijnvoegen waarin een rode kernbies; de zuiderzijbeuken hebben als eerste laag op de witkalk dit lichte grijsblauw met dezelfde voegen. Om de platte sluitstenen (waartegen gebeeldhouwde of gesneden bladornamenten hangen) een manchet in rood-blauw-rood, met een witte band afgezet in de noordbeuken, met een veelvoud van banden, oranje-wit-oranje-rood-oranje in de zuidbeuken, waar zij langer zijn.

De aan de sluitstenen bevestigde eikebladvormen

Opmerkelijk is, dat alleen de gewelfvelden van het viertal oostelijke traveeën, de oudere, der noordelijke zijbeuken, van een ornamentatie zijn voorzien, alle overige tien traveeën zijn blank gelaten. Die ornamentatie is de tweede ter plaatse, volgend op de rode leliekronen, en bestaat uit per veld een drievoudige bloemtak, één tak langs de kruin van het gewelf, twee langs de ribben. De tak is getekend als afgesneden, terwijl in de zuidbeuken daarentegen de tak als het ware tevoorschijn komt van achter de sluitsteen, overigens in dezelfde drie richtingen uitwaaierend en rijk in bloei met bloemen en bessen, met kerende en tegenkerende heraldisch opgevatte bladeren, groen of blauw van voren, rood op de rug. Dit ornament is, met zijn zwarte contouren en zachte kleuren, elegant van tekening en sierlijk van vorm, verwant aan de beschildering van de gewelven der Broederschapskapel zonder nochtans hetzelfde te zijn. Het blijft vreemd, dat de noordbeukgewelven behoudens de vier oudste, op hun witkalk nooit deze decoratie gekregen hebben en dus onvoltooid genoemd moeten worden. Naturalistisch zijn de motieven niet, aan één stengel bloeien tegelijk verschillende bloemen- en vruchtensoorten, bloemen die doen denken aan orchideeën, veenbessen, Jacobsladder, slangekruid, zonder dat zij echt te botaniseren zijn. Ofschoon geen vast sjablonewerk, vormt het patroon van de binnenste zuiderzijbeuk een repeterende reeks van andere detaillering dan dat in de buitenste, bij gelijke hoofdcompositie.

Het opgaand werk van de zijbeuken is blank wit op vlakken, gebroken wit op lijsten en profielen, op enkele kleurpartijen na. De tweede pijler (vanuit het oosten) tussen de noordelijke zijbeuken is aan de naar het middenschip en naar het zuidwesten gekeerde kant, als behangen met een kleed, steenrood geschilderd, en daarop bezet met witte wapenschilden waarop een wit kruis, dubbel gecontoureerd in zwart grijs. Bij de derde pijler is dat eveneens het geval, nu op de naar het zuidoosten gewende zijde. De wapens hebben wellicht betrekking op het voetboogschuttersgilde, dat zijn altaar aan laatstgenoemde pijler had. Op vele plaatsen op muren en zijbeukpijlers bevinden zich nog geschilderde wijdingskruisen, rood in rode cirkels. Tegen de westkant van de pijler ten zuiden van de zuidwestelijke vieringpijler is op ongeveer 2,50 m hoogte een zwart omlijst vierkant veld geschilderd van 20 cm zijde met in rood een figuur die misschien een huismerk is. Erboven een rood verticaal lijntje. Op de wandpijler rechts van het kleine Sint Josephkapelletje bij het zuidtransept bevindt zich het groene veld met figuratie, dat door J. Kocken in 1965 al ten dele blootgelegd was en in 1980 geheel tevoorschijn gebracht is.

Het is de achtergrond geweest van een geschilderde heiligenfiguur onder een baldakijn in de vorm van de kap van een paviljoen of veldheerstent zoals dat in de 16de en vroege 17de eeuw wel voorkomt als overhuiving van heiligen op schilderijen, kegelof koepelvormig met afhangende lobben (een lederen franje). De heilige zelf heeft slechts een schim achtergelaten, in lang gewaad, maar wordt vergezeld door kleurige figuurtjes: vier engelen, als diaken gekleed, met muziekinstrumenten. Misschien gaat het hier om een voorstelling gewijd aan de heilige Caecilia, wier altaar in de nabijheid stond.¹²⁶

De meest westelijke traveeën van de zijbeuken, te weerszijden van de toren gelegen en tot oudere bouwperioden behorende, hebben een afwijkende decoratie. Op het gewelf van de overgangstravee van de buitenste noordbeuk naar de Mariakapel bevindt zich een beschildering met een zelfstandig patroon van rondcirkelende stengels met spitse bladeren en grote rode bloemen, omzoomd door een rode lijst langs de schildbogen en door een zwarte meander langs de ribben en scheibogen. Mogelijkerwijze dagtekent deze compositie uit de vroege 16de eeuw en haar zelfstandigheid kan samenhangen met het feit, dat sinds 1513 in deze ruimte het astronomisch uurwerk met het Laatste Oordeelspel stond opgesteld, een van de grote bezienswaardigheden van de kerk tot in de 18de eeuw. De naastliggende overgangstravee heeft geen decoratie op de gewelfvelden bewaard, wel sporen van rib- en boogbeschildering conform aan die der zijbeuken. De zuidelijke pendant levert hetzelfde beeld, de zuidelijk daarbij aansluitende travee is in 1892 gebouwd en welbewust onbeschilderd gelaten.

De eerste, zuidoostelijke muurpijler van de doopkapel is, in tegenstelling tot het overige, jongere opgaande werk in de kerk, herhaaldelijk opnieuw beschilderd geweest, zoals bij het onderzoek door J. Kocken in 1965 gebleken is. Bij de restauratie in 1980 zijn de verschillende lagen rood verwijderd en is het oudste kleurenschema, een geschilderd metselverband van grijze blokken en rode voegen, afgezet met witte biezen, aangevuld. De Lievevrouwekapel naast de toren bevat nog een schildering in het verborgene. Daar werd in 1883, bij de vernieuwing van de vloer, tegen de westmuur van de noordtravee, opgaand van een 0,58 m lager vloerpeil, tijdelijk een beschildering blootgelegd, bestaande uit een zwart geschilderde plintstrook, 0,30 m hoog, waarboven een witte strook, 0,28 m hoog, met de voorstelling van twee duiven op takken en een gedekseld vat met handvaten (zalfpot, reukvat, ciborie?). De compositie is verscheidene malen door Lambert Hezenmans in zijn restauratieverslagen in het klein afgetekend.¹²⁷

Opgaand werk van de kapel en gewelfvelden bewaren geen oude decoratie-sporen: het lofwerk

Het meest opvallend in deze kapel is de muurschildering tegen haar zuidwand.

Aanvang 1870 keurde de bisschop van 's-Hertogenbosch een voorstel van het kerkbestuur goed, in de Lievevrouwekapel een schildering te doen aanbrengen door de schilder A. Brouwer te Hilversum, die daartoe een schetstekening had overgelegd; kort daarop werd met deze kunstenaar een contract getekend.¹²⁸

Anthonius Brouwer, geboren te Nijkerk op 18 juli 1827, overleden te Hilversum op 4 juli 1908, begon zijn loopbaan als rijtuig- en huisschilder, studeerde van 1849 tot 1855 aan de Rijksacademie te Amsterdam onder leiding van J.W. Pieneman en was vanaf 1850 te Hilversum gevestigd. In 1856 ging hij de religieuze kunst van de Düsseldorfer schilderschool bestuderen en van 1859 tot 1861 vergrootte hij zijn bekwaamheden door lessen aan de Tekenacademie in München te volgen. Zijn praktijk bestond vooral uit de levering van kruiswegstaties aan kerken (Hilversum, St. Vitus, Bussum, Naarden, Baarn, Den Bosch, Haarlem, Den Haag, Tilburg, Boskoop, Breda, Helmond en talloze andere plaatsen).¹²⁹

Hij leverde ook tekeningen voor lithografieën en gravures als boekillustraties: van hem is de tekening waarnaar E. Vermorcken de houtgravure maakte die het schutblad van de eerste jaargang van De Katholieke Illustratie, 1867, siert.

Hij heeft ook een middel uitgevonden om het schilderdoek ondoordringbaar te maken voor het muurvocht der kerkgebouwen, en dat is misschien wel het resultaat van zijn ongelukkige ervaringen in de Bossche Sint Jan. Het werk dat hij daar opleverde, was namelijk niet naar de zin van het kerkbestuur dat hem derhalve een deel van de aanneemsom onthield. Na onderhandelingen tussen plebaan Van de Ven en de kunstenaar moest de laatste van zijn vorderingen afzien, maar kwam een nieuw contract tot stand, in 1883, voor de vervaardiging van een nieuwe schildering ter grootte van de hele oppervlakte van de zuidelijke of torenmuur der kapel tot op de waterlijst, met dezelfde indeling en voorstellingen als van de afgekeurde schildering. De nieuwe moest vóór 1 september 1884 gereed zijn, maar de aanneemsom van ƒ 2.000,- zou pas vijf jaar na oplevering uitbetaald worden indien dan inmiddels geen schade door vochtigheid was opgetreden.¹³⁰ Bij het niet tijdig opleveren werd een boete in het vooruitzicht gesteld, maar kort voordat de termijn verstreek, kreeg Brouwer tot 1 juni 1885 uitstel en het schijnt dat hij zich daaraan gehouden heeft, want in juli 1890 acht het kerkbestuur de tijd gekomen om hem ƒ 2.320,- uit te betalen.¹³¹

Bij enig onderzoek in 1973 is gebleken, dat het om een geheel nieuwe schildering op andere ondergrond is gegaan en dat ook de oude in het verborgene nog aanwezig is. Deze is namelijk rechtstreeks op een kalklaag op de torenmuur geschilderd, terwijl de tweede aangebracht is op doek gehecht aan een spouwmuur die tijdens de herstellingen van de Lievevrouwekapel in 1882-1884 gemetseld moet zijn (fotograaf Zeeuwe heeft in augustus 1973 door een sleuf via de torenmuur vanuit het torenportaal een camera tot bij de eerste schildering neergelaten en maakte een foto van een deel van de schildering, die nog in redelijk goede staat leek).

De schildering die in haar omlijstingen de spits van de schildboog der gewelven volgt, is gewijd aan de voorspraak van de Moeder Gods bij haar Zoon en aan bijzondere vereerders van haar mirakelbeeld in de loop der eeuwen. Bovenin, op een wolkendek, Christus tronend in een grote zetel, Maria geknield aan zijn voeten en engelen in aanbidding. Daaronder geknield en naar haar opkijkend: keizer Maximiliaan 1 van Oostenrijk, regent over de Bourgondische Nederlanden, die in 1481 in de Sint Jan het kapittel van het Gulden Vlies voorzat en de stad het embleem van zijn dubbele adelaar schonk zoals dat in die tijd ook op het gewaad van het mirakelbeeld (dat wil zeggen het in hout gesneden gewaad) geschilderd is. Tegenover hem zijn schoondochter Johanna van Castilië, die in 1496 haar goudlakens bruidsgewaad aan het beeld schonk. Links van Maximiliaan op de voorgrond buigend geknield hertog Arnout van Gelder, die na door zijn zoon gevangen gehouden te zijn, bevrijd van zijn ketenen het mirakelbeeld in Den Bosch dank kwam zeggen.

Naast hem bisschop Ophovius, door wiens toedoen het beeld in 1629 na de verovering van Den Bosch door Frederik Hendrik, in veiligheid gesteld werd, en op de achtergrond bisschop Zwijsen, die het beeld in 1853 uit Brussel naar Den Bosch deed terugkeren. Links achter ziet men, onder anderen, nog de Spaanse soldaat die, tijdens het beleg van Den Bosch door prins Maurits in 1603, wonderbaarlijk, op voorspraak van de Zoete Lieve Vrouw, aan de dood door een kanonskogel van 23 pond ontsnapte, doordat de kogel door een geheimzinnige kracht op zijn harnas afschampte. Rechts van koningin Johanna van Castilië zien wij Hedviges van Vught, huisvrouw van Johannes Timmerman, die als eerste de wonderkracht van het beeld ervoer, Anna van Hambroeck, die het beeld in 1629 in veiligheid bracht, en andere biddende vrouwen.

In de brede, met bladranken gevulde rand van de schildering, in de boogspits God de Vader tussen engelen en met een spreuklint (Ave Regina Coelorum) te halver hoogte twee vierpassen met de bijbelse vrouwen Abigael en Esther, als voorafbeel-