Na 4 mei 1772 onder de classis Leiden als proponent te zijn toegelaten, werd hij in mei 1773 beroepen als predikant te Bemmel, waar hij 7 november 1773 zijn intrede deed, en 16 mei 1777 te Den Bosch. Zijn sollicitatie naar de leerstoel van de theologie, die door het overlijden van J.C. Pallier (1729-1780) was opengevallen, werd 8 maart 1780 met succes bekroond. Naast hem werd Abr. Carp (1746-1838) 5 april 1780 op een tweede leerstoel voor de theologie benoemd, en toen deze in 1781 naar Dordrecht was vertrokken, kreeg Frantzen P. Haak Forsborgh (overleden na 1815) als naaste ambtgenoot. Reeds in oktober 1783 nam hij een beroep aan a;s predikant te Groningen en 28 december van dat jaar deed hij daar zijn intrede.

Te Leiden had Frantzen vooral de invloed ondergaan van de hoogleraar in de theologie Ew. Hollebeek (1719-1796), aan wie de verdienste wordt toegekend van de door zijn De optimo concionum genere quibus ea divinas literas e suggestu sacro exponendi methodus, quae vulgo Anglicana dicitur, modeste defenditur (Lugd. Bat. 1786), waarin hij de synthetische methode als de beste wijze van preken aanprees, de weg te hebben gebaand tot de verbetering van de preekmethode in de Hervormde Kerk. Op het voorbeeld van zijn leermeester preekte Frantzen op zulk een ongedwongen manier, dat alles, wat de Schrifttekst aan dogmatische of ethische waarheid bevatte, zo eenvoudig mogelijk en aangepast aan het bevattingsvermogen van de toehoorders werd uiteengezet en op het hart werd toegepast. Deze wijze van preken vond ook onder de studenten in de theologie te Groningen tijdens Frantzens kortstondige ambtsvervulling aldaar veel navolging.

Frantzen was gehuwd met Lucretia Wilhelmina van der Swaag. Kinderen uit dit huwelijk zijn waarschijnlijk: Johan