Werd op 6 september 1734 te Groningen voor de wijsbegeerte, 12 september te Leiden voor de godgeleerdheid ingeschreven, was predikant te Molenaarsgraaf (Z.H.) 20 november 1740, te Zuidland (Z.H.) 3 december 1741 en aanvaardde 20 juli 1749 dezelfde functie te Den Bosch. Op 15 januari 1760 werd hij daarbij benoemd tot hoogleraar in de gewijde welsprekendheid aan de Illustre School.

In 1753 bereidde Van Alphen een gewezen Dominicaan, Joh. Wuytz (ABW XX 440), voor op zijn overgang naar de Gereformeerde Kerk. Wuytz schreef hierover: Belydenis der ware Hervormde religie tegen de dwalingen der Roomsche Kerke,

In 1757 werd Van Alphen in een hevig conflict gewikkeld met zijn Bossche ambtgenoot , de predikant-hoogleraar H.G. Clemens (1701-1772), en wel over de vraag, of het geloof de vrucht is van de rechtvaardigmaking, dan wel of de rechtvaardigmaking uit het geloof voorkomt. Voor het eerst hadden, omstreeks 1750 Nicolaas Holtius (1693-1773)*, predikant te Koudekerke (Z.), en Alexander Comrie (1706-1774)*, predikant te Woubrugge (Z.H.), de strijd aangebonden tegen de Zwolse predikant Anthony van der Os (geboren 1722, sterfjaar onzeker)*, maar zij hadden daarbij o.a. de Leidse hoogleraar J. van den Honert (1693-1758)* tegenover zich gevonden. In een preek van 21 november 1757 had Clemens zich in gematigde termen voor de eerste mening uitgesproken. Daarop kondigde Van Alphen in de ochtenddienst van 18 december 1757 in de St. Janskerk aan, dat hij zich in zijn eerstvolgende kerkdienst openlijk tegen zekere ingeslopen dwalingen zou verzetten. Volgens mr. Hendrik Bernhard Martini (1693-1776), president-schepen en oudste raad der stad, die het verhaal van het conflict voor het nageslacht heeft bewaard, zou Van Alphen tot dit optreden zijn aangezet door de hoogleraar A. Velingius (1721-1803). In de avonddienst van 21 december 1757 keerde hij zich inderdaad in scherpe bewoordingen tegen de „schadelijke nieuwigheden”, die te Den Bosch zouden zijn verkondigd, maar zonder daarbij Clemens met name te noemen. Door de kerkeraad om nadere opheldering gevraagd, gaf hij een ontwijkend antwoord en ondanks aandringen van de kerkeraad en van de emeritus-predikant-hoogleraar C. de Witt (1695-1771) weigerde hij de namen van de schuldigen te openbaren. Daarop besloot de kerkeraad, 19 maart 1758 van de preekstoel een pu-

Toen in augustus 1758 twee gecommitteerden van de Raad voor andere aangelegenheden Den Bosch bezochten, wisten zij een verzoening tussen Van Alphen en Clemens tot stand te brengen. De twee predikanten gaven elkaar de hand van broederschap en verklaarden elkaars leer voor rechtzinnig te houden, terwijl Van Alphen uitdrukkelijk betuigde, dat de opvatting van Clemens over de rechtvaardigmaking niet in strijd was met de Formulieren van Enigheid. Zondag 13 augustus 1758 werd deze verklaring uit naam van de gecommitteerden in twee kerken ter kennis gebracht van de gemeente. In de Acta van de kerkeraad werd op bevel van de Raad van State van 4 september 1759 alles, wat op deze zaak betrekking had, geschrapt.

Voor Van Alphen was de kwestie daarmee nog niet ten einde. In het tweede stuk van het Examen van het ontwerp van tolerantie om de leere van de Dordrechtse Synode, anno 1619 vastgesteld, met de veroordeelde leere der Remonstranten te vereenigen (A'dam 1759) door Comrie, Holtius e.a. werd

Van Alphen was 28 juni 1744 te Rotterdam gehuwd met Jacomina van Swyndrecht (Rotterdam 1721 - Den Bosch 1765). Uit dit huwelijk werden geboren: Johannes (Zuidland 1745 - Monser 1818), drossaard van Asperen, 30 november 1770 gehuwd met Elisabeth van Arkel (1745-1829), en Anna Maria (Zuidland 1747 - Voorburg 1807), 3 mei 1772 gehuwd met Jan Verveer (overleden na 1807).

Op 14 mei 1753 kocht Van Alphen het huis 'De Bollaard' in de Orthenstraat; zijn weduwe verkocht het 19 april 1765 aan Maria Lucia Sam, weduwe van Arnold Walraven.