Orthen lag, evenals Den Dungen, binnen het Vrijdom van de stad 's-Hertogenbosch. Oorspronkelijk werd Orthen door een eigen dorpsbestuur bestuurd. Deze werden 'regeerders', 'borgemeesters' of 'schaarmeesters' genoemd. Administratief was men onafhankelijk; echter niet op juridisch gebied ten aanzien van de belastingen.

In de roerige 16e eeuw werd Orthen enkele keren verwoest; in 1583 trokken alle dorpelingen naar de veilig ommuurde stad. In 's-Hertogenbosch (men verbleef er tussen 1583 en 1610) was men sterk onder invloed van het stadsbestuur gekomen. Dit benoemde zelfs het dorpsbestuur! In 1610 keerden de Orthenaren terug naar hun eigen plek en men werd weer als een zelfstandig dorp beschouwd.

Op het eind van de 18e eeuw ontstond er een echte dorpsruzie. Het gevolg was dat Martinus en Willem Jonkergauw namens 22 anderen een boze brief schreven aan het Bossche stadsbestuur. De bestuurders zouden niet goed functioneren, de ambtseed werd niet afgelegd, er werd geen goed gebruik gemaakt van het scharen (het gebruiken van de gemeenschappelijke wei door het vee) en bovendien was men al tien jaar in functie terwijl deze dorpsbestuurders ieder jaar nieuw gekozen zouden moeten worden.

Men vroeg het Bossche stadsbestuur om ingrijpen, „Als U ed. Achtb. naar der zelver wijzer doorzicht zullen oordeelen en vinden te behooren.” De Bosschenaren hoefden niet in te grijpen; de ruzie werd bijgelegd.

In de Franse tijd krijgt 's-Hertogenbosch meer invloed. Men had het dorpsreglement goedgekeurd en de stad oefende een soort supervisie uit. Maar toch wordt Orthen vanaf 1814 als een apart dorp beschouwd; ook door 's-Hertogenbosch. Maar de provincie en het rijk oordeelden anders. Dit gaf aanleiding tot langdurige moeilijkheden.

Temidden van deze perikelen ontstond in het midden van de 19e eeuw een nieuwe gemeentewet. Deze bood de mogelijkheid tot een aparte 'afdeling' van de gemeente. Een dergelijke afdeling had een eigen vermogen, afzonderlijke inkomsten en uitgaven. Zo beschouwde Orthen zich: deel uitmakend van de gemeente 's-Hertogenbosch, maar binnen die gemeente een aparte 'afdeling' vormend met onder andere een eigen begroting en rekening.

Het leidde in 1857 tot moeilijkheden toen de nieuwe begraafplaats werd aangelegd, op het grondgebied van Orthen. De Bosschenaren gaven echter geen enkele schadevergoeding voor deze grond en de Orthenaren gingen in beroep bij de provincie. Zij gingen zelfs tot aan de Hoge Raad toe. Het leidde ertoe, dat bepaald werd dat het vermogen van de Afdeling enkel bestond uit bepaalde rechten tot het gebruik van de grond: de grond zelf was eigendom van de gemeente 's-Hertogenbosch. Dit alles werd in een Koninklijk Besluit door koning Willem III op 1 juni 1866 bekrachtigd.

Sedertdien heeft binnen de gemeente 's-Hertogenbosch de Afdeling Orthen jaarlijks een eigen begroting en zorgt een commissie uit de ingezetenen van Orthen mede voor het beheer van het Orthense 'kapitaal'. Vanaf 1871 is deze samenvoeging van Orthen met 's-Hertogenbosch in de praktijk een feit geworden; in theorie was dat reeds gebeurd met de gemeentewet.

Momenteel wordt er hard gewerkt aan het totstandkomen van een nieuwe gemeentewet. Dan zal ook de aparte status van Orthen, als een 'juridisch reservaat' (woorden van de toenmalige staatssecretaris Vonhof) waarschijnlijk verdwijnen.