Na 1629 waren de katholieken hun Sint-Jan kwijtgeraakt en werd het gebouw in hoofdzaak gebruikt door de hervormden. Hieraan werd getornd vanaf 1798. toen de staatsgodsdienst was vervallen.

Dit leidde in veel gevallen tot strijd tussen kerkgemeenschappen, ook in Den Bosch. Na tien jaar beslechtte Napoleon dit verschil van mening tijdens diens bezoek aan de stad in 1810. De katholieken kregen de kerk, maar Napoleon had hen in al zijn gulheid ook een bisschop toegezegd! Eindelijk op 11 december 1816, nam koning Willem I het definitieve besluit.

De katholieken zouden de Sint-Janskerk krijgen, maar moesten een bepaald bedrag in de staatskas storten. Daaruit zou een kerk voor de protestanten betaald worden, terwijl de hervormden één derde deel van het kapitaal ('de fabrieksgoederen van Sint Jan') in bezit kregen.

De katholieken hadden hun kerk terug, maar parochiekerk werd de Sint-Jan pas weer in 1840. Toch was niet iedere katholieke Bosschenaar blij met de Sint-Jan. Men moest met een soort ruimtevrees om het gebouw heengelopen hebben en de intimiteit van de oude kerkgebouwen werd gemist. Bovendien kosste het herstel van de kerk veel geld. Toen echter in 1853 het Mirakelbeeld terugkeerde en de stad weer zetel van het bisdom werd, was de katholieke Bosschenaar tevreden met de ontwikkelingen.

Met de toren van de kerk had het stadsbestuur in de loop der eeuwen bemoeienis gehad. Ze diende als openbare tijdaanwijzer, uitkijkpost en plaats voor de feest- en alarmklokken. In 1798 had de landsregering bepaald dat alle torens en klokken aan de gemeentebesturen in eigendom toekwamen. Hieraan werd in Den Bosch niet getornd. Terwijl de katholieken en hervormde commissies nog steeds over het kerkgebouw aan het beraadslagen waren, werd de toren geruisloos als gemeentebezit erkend. De stad betaalde voortaan het luigeld en stadsarchitect Jan Verhellouw hield toezicht op de te verrichten reparaties.