In 1928 werd een aanvang gemaakt met een algehele vernieuwing van de figurale wimbergvullingen; de oude reliëfs konden niet ter plaatse behouden blijven en werden in de bouwloods opgesteld. In 1933 kwam dit werk gereed.

In 1929 betuigde dr. A. Pit, lid van de rijkscommissie voor de monumentenzorg, zijn waardering voor de wijze van herstel.¹⁰⁶ Hij besefte, dat het een moeilijke opgave was, aansluiting te vinden tussen het oude en nieuwe werk: 'In deze omstandigheden mogen wij ons gelukkig achten, wanneer er een meester gevonden wordt die zich los kan maken uit eigen tijd, en die uit zijn bewondering voor het oude de kracht put om in zijn werk den geest van dat oudere nabij te komen. In den Heer Jac. Goossens te 's-Hertogenbosch hebben wij zulk een beeldhouwer gevonden'. Over het decoratieve effect op afstand merkt Pit op: 'De zachte overgangen, welke de rondingen in de natuur toch altijd vertoonen, werden vermeden. Teneinde de

Maar in hetzelfde gedenkboek waarin deze observaties van Pit te lezen staan is een gedeelte opgenomen uit een brief van Anton van Duinkerken, waarin hij zijn weigering, om aan deze bundel bij te dragen, verklaart door aan Huib Luns te schrijven, zich niet voldoende bevoegd te achten 'te spreken over monumentale constructies en plastische details. Ik voor mij onthoud mij steeds van publicaties op dit gebied en het komt me weinig gewenst voor deze gewoonte te breken om het woord te nemen over de Sint Jan, een tragies document in steen, dat m.i. maar al te zeer symboliseert hoe de bourgondiese mantel onzer brabantse cultuur gedragen wordt door een lichaam van negentiendeeuws pourriture. Zulke gargouilles van buiten en zulk een kruisweg van binnen ..... vergeef me: ik deel de jubel liever niet en zoek om te klagen bij voorkeur een andere gelegenheid .....'¹⁰⁷ Huib Luns tilde niet zo zwaar aan deze veroordeling van de restauratie door een generatie 'die immers in de windingen van den tijd de afgekeerde is'. Waardering en bewondering zouden 'weer eerst geschonken worden door jongeren die nu nog niet eens rond de schoolbankjes van de Montessori huppelen - dáárop kon niet gewacht worden'.¹⁰⁸

In 1931 verscheen het monumentale boekwerk van de kerkarchivaris Jan Mosmans over de Sint Jan en daarin werden de feilen van de lang voorbije restauratiefasen breed uitgemeten. Voor de verdere herstellingen waren deze studie en de volgende onderzoekingen van Mosmans van buitengewoon groot belang. Tot zijn dood op hoge leeftijd, in 1966, is hij het werk critisch blijven volgen en heeft hij talrijke suggesties gedaan voor wat hij een historisch verantwoorde vormgeving achtte en voor de interpretatie van de iconografie der kerk.

Merkwaardigerwijze liggen de afzaten van de open kapelvensters hoger dan die van de blindnissen tegen de dammen tussen de kapellen, in welk verschijnsel men wel een planwijziging heeft willen zien.12 Die nissen hebben nog, in tegenstelling tot de ziende vensters, hun authentieke rechtstanden met gevarieerde traceringen bewaard. Het negprofiel van nissen en vensters bestaat uit een diepe hollijst met schuine kant, boven de spitsboog nog vermeerderd met een kraal, bieskraal, hol en riem, tegen de gewelfribben tenietlopend. Het profiel van de gewelfdragers en gewelfribben bestaat uit een geriemde peerkraal, waarachter te weerszijden een kraal, een hol en een schuine kant, die ogenschijnlijk zonder meer uit de vloer oprijzen, maar op een lager niveau hun basementen vinden.

De gewelfribben komen bijeen tegen ronde sluitstenen, met figuratieve sculptuur versierd, in de middelste kapel in de sluiting tegen een hangconsole. De meest westelijke gordelboog in deze kapel, grenzend aan de boog die zich naar de kooromgang opent, wordt gedragen door kraagstenen in de vorm van manskoppen met baarden en gerimpelde voorhoofden, mooie en gave sculpturen.

De patronen van de blindnistraceringen in de middenkapel en tegen de westelijke muren van de

De scheibogen waarmee de kapellen naar de omgang geopend zijn, hebben hetzelfde profiel als de gewelfdragers, maar in een wat forsere uitvoering: een vrij stompe geriemde peerkraal waarachter te weerszijden een kraal, een hol en een schuine kant. Kraal en hol vloeien ojiefvormig ineen. Ook deze profielen verdwijnen zonder meer in de vloer, omdat hun basement door een peilverhoging aan het zicht onttrokken is. De vloer der kapellen ligt één trede hoger dan die van de omgang.

De steunberen in de hoeken te weerszijden van de middelste straalkapel wijken in zoverre af, dat zij zich onderaan naar buiten als twee kanten van een vierkant massief voordoen.

In de kapellen zijn alle vensters bekroond door wimbergen waarvan de opengewerkte toppen in de balustraden opgenomen zijn en een kruisbloem of fleuron dragen, die de zich op dezelfde hoogte bevindende pinakels der steunberen afwisselt. De vensterharnassen zijn nergens oorspronkelijk. De neggen daaromheen bestaan uit een diep hol en een schuine kant, evenals de wimbergomlijstingen, welke voorts met bladhogels bezet zijn.

Te weerszijden van de wimbergen is het wandvlak met spitsboognissen bezet van dezelfde vorm als die in de steunberen. In de onderste lijst van de balustrade zijn spuiers opgenomen. De balustrade heeft een patroon van vierpassen, telkens één in het compartiment dat door een pinakel en een wimbergtop wordt ingevat, terwijl in die open top een blaasbalgtracering, met de punt naar boven, is verwerkt. De straalkapellen hebben elk een afzonderlijke kap met driezijdig dakschild aan de buitenzijde, een gemetselde topgevel omlijst door een natuurstenen afdekking en bekroond door een beeld aan de koorzijde.

In de hoek tussen de twee meest westelijke straalkapellen en onderscheidenlijk de noordelijke en de zuidelijke buitenzijbeuk van het koor bevinden zich vanuit die kapellen toegankelijke traptorens, die naar buiten met vijf ongelijke brede zijden uitspringen en ter hoogte van de balustraden van zijbeuken en kapellen door een zeskante open lantaarn bekroond worden, zodanig dat de doorgang over de dakgoten door die lantaarns heen voortgezet wordt. Dat zeskant staat in zijn as (parallel aan de rechte zijden) schuin op de lengte-as van de kerk. Deze traptorens zijn, waar zij boven de noordelijke en de zuidelijke sacristieën in het zicht komen, tot de balustradehoogte aan elkaar gelijk, met versnijdingen overeenkomstig die der steunberen van de kapellen en met dezelfde spitsboognissen. De lantaarn van het zuidtorentje echter onderbreekt de balustrade met haar open spitsbogen met hollijsten, terwijl die van het noordtorentje omgeven is door de balustrade met vierpastracering. De doorgang door die lantaarn heen bestaat uit een met een kraal, hol en kraal geprofileerde rondboog, een recht overtoogd poortje en een poortje met een korfboog, de overdekking is een ingesnoerde naaldspits, terwijl het zuidtorentje een gehogelde helm draagt, eindigend in een kruisbloem en aan de voet omgeven door een crête met hoekpinakeltjes. De zuidkant van het zuidtorentje is onderaan met een overhoekse pinakel bezet, de afzaat doorsnijdend en de reeks van de zuidelijke zijbeukcontreforten voortzettend; de noordkant van het noordtorentje stuit op de sluiting van de Sacramentskapel en is van een toegang tot de goot van de gerfkamer voorzien. Het zuidelijk traptorentje en de meest zuidwestelijke straalkapel werden in 1919-1921 gerestaureerd in samenhang met de zuidelijke koorzijbeuk en de sacristie. Van 1924 tot 1933 werden van zuid naar noord de zes volgende straalkapellen en het noordelijk traptorentje onder handen genomen. Al lang voordien waren in de drie middelste straalkapellen vensterharnassen (twee lancetten en een ring met vijfpas) met gebrandschilderd glas aangebracht (1867-1876), ter vervanging van de 18de-eeuwse grenehouten middenstijlen met blank glas-in-lood. De bouwsculptuur had zwaar geleden, maar was overal voldoende herkenbaar om het nieuwe werk zo gelijkend mogelijk te maken, alleen de pinakels op de balustrade waren alle tot het onderste van hun romp verdwenen. In de hoek tussen de tweede en derde straalkapel (zuidwest) bevatte de steunbeer bovenaan in de rechtse van de twee flankerende nissen nog een beeld. De bogen in de lantaarn van het zuidwestelijk traptorentje waren met baksteen dichtgemetseld, de top van de helm was verdwenen.