Op 26 september 1853 schreef het bestuur van het Provinciaal Genootschap een prijsvraag uit over 'Eene bouwkundige beschrijving van Sint-Janskerk te 's-Hertogenbosch, voorafgegaan door de geschiedenis van haren bouw...'. De antwoorden (met tekening, bestek, begroting en kostenopgave) werden ingewacht vóór 1 december 1855. De achtergrond van deze prijsvraag werd duidelijk gesteld: 'Men zal nu eindelijk eens de handen aan het werk moeten slaan', want er moest tegemoet gekomen worden 'aan den levendigen wensch om dien prachtige gotische tempel, het schoonste gedenkteeken van dien bouwtrant in ons vaderland, tegen eenen verdere ondergang te bewaren'.

In die tijd werd er ook verder gebouwd aan de Dom van Keulen; vanaf de middeleeuwen was dat niet meer het geval geweest. Thans werd deze kerk 'eindelijk' voltooid. Zoiets zou ook met de Bossche kathedraal moeten gebeuren: de westelijke toren (de romaanse met de gotische spits) zou vervangen moeten worden door twee gotische torens, zoals dat ook met de Franse kathedralen gebeurd was en waarschijnlijk ook bedoeld was voor de Bossche kerk.

Twee inzendigen kende de prijsvraag. De 17-jarige student Hendrik van der Geld had meegedaan: zijn ontwerp werd afgekeurd. Het tweede ontwerp was ingediend door de gebroeders Frans en Henri Donkers. De jury kwam uiteindelijk tot de conclusie dat deze inzending zeker van nut zou kunnen zijn bij 'een herstelling', een restauratie. Maar zeker zou het niet onvoorwaardelijk tot uitgangspunt moeten dienen voor een restauratie. Als troostprijs kregen zij op 8 juli 1858 in de algemene vergadering van het Genootschap een zilveren medaille uitgereikt.

Een prijsvraag uitschrijven is iets, het daadwerkelijk geven van een opdracht iets heel anders. Vóór de uitslag van de prijsvraag bekend was, hadden bisschop Zwijsen en deken Wilner reeds aan Louis Veneman als restauratie-architect opdracht gegeven het bouwvallige zuidertransept aan te pakken. Het kerkbestuur stemde erin toe, hoewel zij eerst een andere restauratie-architect, Bolsius, in gedachten hadden.

En reeds vóór de gebroeders Donkers hun zilveren medaille als beloning voor hun werk ontvingen, was in 's-Hertogenbosch al het eerste steigerhout aangekomen. Op 11 mei 1858 werd de eerste steiger geplaatst. Het grootse werk van de restauratie van de Sint-Jan kon beginnen. Niet met de gebroeders Donkers als restauratie-architect, maar onder leiding van Veneman. Dat gebeurde in 1859, bij het noordertrancept.

Ruim een eeuw is aan deze restauratie gewerkt. Telkens met andere uitgangspunten (zo wilde men oorspronkelijk alles alleen terugbrengen tot het gotisch ideaal) hetgeen uiteindelijk leidde tot een gerestaureerde 'onze ouwe Sint-Jan'.